BỊ PHẠT, TRUY THU GẦN 12 TỶ ĐỒNG: VÌ SAO QUYẾT ĐỊNH XỬ PHẠT BỊ TÒA ÁN HỦY?

Một doanh nghiệp bị xử phạt gần 5,7 tỷ đồng và truy thu hơn 5,9 tỷ đồng liên quan đến việc sử dụng 5 hóa đơn bị cơ quan thuế xác định là không hợp pháp. Tuy nhiên, sau quá trình khởi kiện và xét xử qua hai cấp, Tòa án đã hủy quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Điểm đáng chú ý trong vụ việc không chỉ nằm ở giá trị gần 12 tỷ đồng, mà còn ở câu hỏi: Khi cơ quan thuế xử lý một hành vi vi phạm, yêu cầu về thẩm quyền, trình tự thanh tra và chứng cứ được đặt ra như thế nào?

Vụ việc được đề cập tại Bản án số 132/2025/HC-PT ngày 04/09/2025 của Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao, về khiếu kiện quyết định hành chính trong lĩnh vực thuế.

1. TỪ 5 HÓA ĐƠN ĐẾN KHOẢN PHẠT VÀ TRUY THU GẦN 12 TỶ ĐỒNG

Theo nội dung vụ án, ngày 01/11/2022, Cục trưởng Cục Thuế TP H. ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với Công ty CP S. do xác định doanh nghiệp kê khai sai, dẫn đến thiếu số thuế GTGT và thuế TNDN phải nộp.

Tổng số tiền doanh nghiệp phải chịu theo quyết định gồm:

• Gần 5,7 tỷ đồng tiền phạt;

• Hơn 5,9 tỷ đồng tiền thuế bị truy thu;

• Hơn 160 triệu đồng tiền chậm nộp;

• Đồng thời giảm hơn 8,7 triệu đồng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Nguồn gốc của vụ việc là cuộc thanh tra thuế được thực hiện từ ngày 06/09/2022 đến ngày 10/10/2022, với kỳ thanh tra từ năm 2011 đến năm 2019.

Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế xác định Công ty CP S. đã kê khai thuế GTGT đầu vào và chi phí giá vốn dựa trên 5 hóa đơn phát hành trong năm 2019 của hai doanh nghiệp khác.

Theo quan điểm của cơ quan thuế, hai doanh nghiệp xuất hóa đơn không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Dữ liệu kê khai thuế cũng được cho là thể hiện những dấu hiệu bất thường về hoạt động mua vào, bán ra và nhân sự.

Từ đó, cơ quan thuế xác định 5 hóa đơn nêu trên không hợp pháp và việc doanh nghiệp sử dụng các hóa đơn này để kê khai thuế là vi phạm.

Ở chiều ngược lại, Công ty CP S. cho rằng các giao dịch mua bán là có thật. Doanh nghiệp trình bày rằng các khoản chi phí liên quan đến 5 hóa đơn đã được thế chấp tại ngân hàng và tiền mua hàng được ngân hàng thanh toán trực tiếp cho bên bán.

Do không đồng ý với quyết định xử phạt, doanh nghiệp khởi kiện yêu cầu Tòa án hủy quyết định của Cục trưởng Cục Thuế TP H.

2. VÌ SAO TÒA ÁN HỦY QUYẾT ĐỊNH XỬ PHẠT?

Sau khi xét xử sơ thẩm, TAND TP.HCM chấp nhận yêu cầu khởi kiện của doanh nghiệp và hủy quyết định xử phạt. Cục trưởng Cục Thuế TP H. kháng cáo. Viện trưởng VKSND cấp cao tại TP.HCM cũng có kháng nghị đề nghị bác yêu cầu khởi kiện.

Tại phiên phúc thẩm, Tòa án tập trung xem xét không chỉ nội dung vi phạm về thuế mà còn tính hợp pháp của hoạt động thanh tra và cơ sở chứng cứ được sử dụng để ban hành quyết định xử phạt.

Thứ nhất, vấn đề về thành phần và điều kiện của đoàn thanh tra

Theo nhận định của Hội đồng xét xử, các thành viên đoàn thanh tra trong vụ việc không phải là thanh tra viên và chưa được đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra theo quy định.

Cơ quan thuế giải thích rằng tại thời điểm thanh tra, việc thay đổi ngạch công chức khiến không thể bố trí thanh tra viên như trước đây và toàn bộ công chức giữ ngạch thanh tra đã được chuyển sang các ngạch khác.

Tuy nhiên, Hội đồng xét xử không chấp nhận lý do này để xem đó là căn cứ thực hiện hoạt động thanh tra không đúng quy định.

Tòa xác định việc tiến hành thanh tra và lập biên bản thanh tra trong vụ việc không đáp ứng yêu cầu theo quy định.

Thứ hai, biên bản thanh tra không có giá trị pháp lý

Từ vấn đề về điều kiện, thành phần của đoàn thanh tra, Hội đồng xét xử xác định biên bản thanh tra thuế được lập trong vụ việc không có giá trị pháp lý.

Đây là điểm có ý nghĩa quyết định đối với tính hợp pháp của quyết định xử phạt.

Bởi quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế được ban hành trên cơ sở kết quả và biên bản thanh tra không đúng trình tự, thủ tục nên quyết định xử phạt cũng không bảo đảm căn cứ pháp lý cần thiết.

Thứ ba, việc xác minh và thu thập chứng cứ chưa đầy đủ

Một điểm khác được Hội đồng xét xử nhấn mạnh là đoàn thanh tra chưa thực hiện đầy đủ việc xác minh, thu thập tài liệu và chứng cứ để chứng minh hành vi vi phạm của doanh nghiệp làm căn cứ cho quyết định xử phạt.

Điều này đặc biệt đáng lưu ý trong các trường hợp cơ quan thuế nghi ngờ giao dịch không có thật hoặc hóa đơn có vấn đề.

Việc một nhà cung cấp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, dữ liệu kê khai có dấu hiệu bất thường hoặc hóa đơn có giá trị lớn có thể là những thông tin cần được xem xét, nhưng để làm căn cứ xử lý doanh nghiệp, các dữ liệu đó cần được xác minh và đánh giá đầy đủ trong tổng thể hồ sơ giao dịch.

Thứ tư, Tòa án không kết luận đơn thuần rằng 5 hóa đơn là hợp pháp

Tòa án hủy quyết định xử phạt trong vụ việc này chủ yếu dựa trên các vấn đề liên quan đến trình tự, điều kiện tiến hành thanh tra và việc xác minh, thu thập chứng cứ.

Theo nhận định của Hội đồng xét xử, nếu có căn cứ xác định doanh nghiệp thực sự không có giao dịch, sử dụng hóa đơn trái pháp luật, kê khai dẫn đến thiếu thuế và có dấu hiệu của hành vi trốn thuế thì cơ quan có thẩm quyền phải xử lý theo đúng trình tự pháp luật tương ứng.

Vì vậy, không nên hiểu vụ án theo hướng: “Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn có vấn đề vẫn có thể thoát truy thu nếu khởi kiện.”

Bài học quan trọng hơn là: một quyết định xử lý thuế phải được xây dựng trên cơ sở đúng thẩm quyền, đúng trình tự và có đầy đủ chứng cứ chứng minh hành vi vi phạm.

3. BÀI HỌC QUẢN TRỊ RỦI RO THUẾ CHO DOANH NGHIỆP

Từ vụ việc trên, doanh nghiệp có thể nhìn nhận rủi ro thuế theo hướng rộng hơn thay vì chỉ tập trung vào việc “có hóa đơn hay không”.

Việc nhà cung cấp sau đó bị xác định không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có dấu hiệu bất thường về thuế có thể khiến giao dịch của bên mua bị đặt vào diện cần giải trình.

Doanh nghiệp nên có quy trình kiểm tra thông tin nhà cung cấp, đặc biệt đối với các giao dịch có giá trị lớn hoặc nhà cung cấp mới.

Không để hóa đơn đứng một mình. Bởi hóa đơn chỉ là một phần của bộ hồ sơ giao dịch. Doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ các tài liệu có khả năng chứng minh giao dịch thực tế như hợp đồng, đơn đặt hàng, biên bản giao nhận, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán, hồ sơ nghiệm thu và các tài liệu liên quan khác tùy theo bản chất giao dịch.

Một bộ hồ sơ đầy đủ giúp doanh nghiệp có cơ sở giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra hoặc thanh tra.

Kiểm soát tính nhất quán của hồ sơ. Thông tin trên hóa đơn cần thống nhất với hợp đồng, chứng từ thanh toán, hàng hóa thực tế, sổ kế toán và các hồ sơ liên quan.

Những điểm không thống nhất giữa các chứng từ có thể trở thành rủi ro khi giao dịch được cơ quan quản lý kiểm tra. Doanh nghiệp không nên đợi đến khi có quyết định thanh tra mới kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ thuế.

Đối với các khoản mục có giá trị lớn, giao dịch với nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro hoặc các khoản chi phí quan trọng trên Báo cáo tài chính, việc rà soát định kỳ có thể giúp doanh nghiệp phát hiện sớm những điểm cần bổ sung chứng từ hoặc giải trình.

Nguồn tham khảo: Bản án số 132/2025/HC-PT ngày 04/09/2025 của Tòa Phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao về khiếu kiện quyết định hành chính trong lĩnh vực thuế.

Lưu ý: Nội dung trên được xây dựng nhằm cung cấp thông tin và góc nhìn tham khảo về một vụ án cụ thể, không thay thế ý kiến tư vấn pháp lý hoặc kết luận áp dụng cho các trường hợp doanh nghiệp khác.

THÔNG TIN LIÊN HỆ

CÔNG TY TNHH KIỂM TOÁN VÀ TƯ VẤN CHUẨN VIỆT (VIETVALUES)

Địa chỉ: 33 Phan Văn Khỏe, Phường Chợ Lớn, TP.HCM

Hotline: 0919 696 168

Website: www.vietvalues.com

Email: admin@vietvalues.com

Zalo OA: https://zalo.me/1205575301328198469