Trong quá trình hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ kế toán, báo cáo tài chính và quyết toán thuế thời gian gần đây, nhiều sai sót được ghi nhận không xuất phát từ hành vi cố tình vi phạm mà chủ yếu đến từ việc doanh nghiệp vẫn vận hành theo quy trình cũ hoặc chưa cập nhật kịp thời các thay đổi quan trọng của chính sách thuế.
Nghị định 320/2025/NĐ-CP cùng các văn bản hướng dẫn liên quan đã tác động đáng kể đến việc xác định:
Chi phí được trừ khi tính thuế TNDN
Điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt
Giao dịch liên kết
Giới hạn khấu hao tài sản
Một số khoản chi phí có điều kiện hoặc định mức cụ thể
Trong thực tế rà soát thuế và kiểm toán tại doanh nghiệp, đây cũng là nhóm nội dung thường được cơ quan thuế và đơn vị kiểm toán tập trung đánh giá do có khả năng ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế, chi phí thuế TNDN và lợi nhuận sau thuế của doanh nghiệp.

Dưới đây là 07 nhóm rủi ro phổ biến mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý trong kỳ quyết toán thuế 2025 – 2026.
1. Ghi nhận lương của chủ sở hữu công ty TNHH MTV vào chi phí
Một sai sót vẫn xuất hiện khá phổ biến tại doanh nghiệp là tiếp tục ghi nhận tiền lương, phụ cấp hoặc thưởng của chủ sở hữu kiêm giám đốc vào chi phí quản lý doanh nghiệp.
Trong quá trình rà soát hồ sơ kế toán, nhiều doanh nghiệp vẫn đang hạch toán khoản chi này vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN dù mô hình hoạt động là công ty TNHH một thành viên do cá nhân làm chủ.
Rủi ro phát sinh là toàn bộ khoản chi phí liên quan có thể bị loại khi thanh tra hoặc quyết toán thuế. Nếu sai lệch kéo dài qua nhiều năm, doanh nghiệp có thể phát sinh thêm nghĩa vụ truy thu và tiền chậm nộp đáng kể.
Doanh nghiệp nên rà soát:
Tài khoản 334 và 642
Hồ sơ lao động liên quan đến chủ sở hữu
Chính sách chi trả thu nhập hiện hành
Phương án phân phối lợi nhuận của doanh nghiệp
Đây cũng là nội dung thường được lưu ý trong quá trình rà soát chi phí quản lý doanh nghiệp khi kiểm toán báo cáo tài chính.
2. Rủi ro thanh toán tiền mặt theo ngưỡng cũ
Sau khi các quy định mới về điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt có hiệu lực, nhiều doanh nghiệp vẫn duy trì quy trình thanh toán theo ngưỡng cũ do chưa cập nhật chính sách nội bộ kịp thời.
Qua thực tế kiểm tra hồ sơ, không ít trường hợp doanh nghiệp vẫn:
Thanh toán tiền mặt cho hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên
Không lưu đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng
Bộ phận mua hàng và kế toán chưa cập nhật quy trình mới
Đây là nhóm sai sót có tần suất xuất hiện rất cao tại doanh nghiệp thương mại, bán lẻ hoặc doanh nghiệp có số lượng giao dịch mua hàng thường xuyên.
Rủi ro phát sinh không chỉ nằm ở việc chi phí có thể không được tính vào chi phí được trừ mà còn ảnh hưởng đến điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Trong nhiều trường hợp, sai sót mang tính hệ thống kéo dài qua nhiều kỳ kế toán có thể làm tăng đáng kể rủi ro truy thu thuế khi thanh tra.
Doanh nghiệp nên chủ động rà soát:
Quy trình thanh toán nội bộ
Hồ sơ thanh toán phát sinh từ năm 2025
Điều kiện thanh toán của các hóa đơn có giá trị lớn
3. Khấu hao xe ô tô vượt giới hạn theo quy định thuế
Một số doanh nghiệp đầu tư xe phục vụ điều hành hoặc quản lý với giá trị lớn nhưng chưa thực hiện tách phần chi phí vượt giới hạn theo quy định thuế khi xác định chi phí được trừ.
Trong quá trình rà soát tại doanh nghiệp, chúng tôi ghi nhận nhiều trường hợp doanh nghiệp ghi nhận toàn bộ chi phí khấu hao theo nguyên giá kế toán mà chưa điều chỉnh phần vượt giới hạn phục vụ mục đích thuế.
Ngoài chi phí khấu hao, doanh nghiệp cũng thường bỏ sót việc rà soát phần thuế GTGT đầu vào tương ứng với giá trị vượt mức quy định.
Ví dụ: một doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thương mại đầu tư xe phục vụ ban điều hành với nguyên giá gần 3 tỷ đồng và thực hiện khấu hao trong thời gian 8 năm theo sổ kế toán.
Trong quá trình hạch toán, doanh nghiệp ghi nhận toàn bộ chi phí khấu hao khoảng 350 triệu đồng mỗi năm vào chi phí quản lý doanh nghiệp mà chưa thực hiện điều chỉnh phần vượt giới hạn theo quy định thuế.
Khi rà soát quyết toán thuế, doanh nghiệp mới phát hiện phần chi phí khấu hao tương ứng với giá trị vượt mức cho phép có thể không được chấp nhận là chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
Sai lệch này nếu kéo dài qua nhiều năm có thể dẫn đến:
Điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế
Phát sinh thuế TNDN phải nộp bổ sung
Tiền chậm nộp và rủi ro xử phạt kê khai sai
Ngoài chi phí khấu hao, doanh nghiệp cũng cần rà soát phần thuế GTGT đầu vào liên quan đến phần giá trị vượt giới hạn để tránh phát sinh thêm sai lệch về kê khai thuế.
Đây cũng là nhóm nội dung thường được cơ quan thuế và đơn vị kiểm toán lưu ý khi kiểm tra tài sản cố định và chi phí quản lý doanh nghiệp.
Doanh nghiệp nên:
Rà soát danh mục xe ô tô dưới 9 chỗ
Đối chiếu phần chi phí khấu hao đang hạch toán thuế
Kiểm tra hồ sơ thuế GTGT đầu vào liên quan
4. Ghi nhận toàn bộ chi phí lãi vay dù chưa góp đủ vốn điều lệ
Nhiều doanh nghiệp đăng ký vốn điều lệ ở mức cao để phục vụ hoạt động kinh doanh hoặc hồ sơ pháp lý, tuy nhiên thực tế chưa góp đủ theo cam kết.
Trong trường hợp này, phần chi phí lãi vay tương ứng với phần vốn điều lệ chưa góp đủ có thể phát sinh rủi ro khi xác định chi phí được trừ.
Sai sót này thường xuất hiện tại:
Doanh nghiệp mới thành lập
Doanh nghiệp tăng vốn điều lệ
Doanh nghiệp mở rộng đầu tư nhưng thiếu nguồn vốn thực góp
Trong quá trình rà soát, đây là nội dung có thể ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí tài chính và lợi nhuận sau thuế trên báo cáo tài chính nếu doanh nghiệp chưa theo dõi đầy đủ tình trạng góp vốn thực tế.
Doanh nghiệp nên:
Kiểm tra hồ sơ góp vốn
Đối chiếu tình trạng góp vốn thực tế
Rà soát chi phí lãi vay đang ghi nhận
Đánh giá ảnh hưởng thuế trước thời điểm quyết toán
5. Ghi nhận chi phí tài trợ không đúng bản chất
Một số doanh nghiệp hiện phát sinh nhiều khoản tài trợ cho hoạt động cộng đồng, sự kiện hoặc chương trình quảng bá thương hiệu nhưng chưa đánh giá đầy đủ bản chất khoản chi khi hạch toán thuế.
Trong thực tế rà soát, nhiều khoản chi:
Có đầy đủ hóa đơn
Có chứng từ thanh toán
Có hợp đồng tài trợ
nhưng vẫn phát sinh rủi ro do chưa đáp ứng điều kiện để được xem là chi phí hợp lý phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh.
Điểm doanh nghiệp thường bỏ sót là chưa tách biệt rõ giữa:
Chi phí marketing có quyền lợi quảng bá thương hiệu
Khoản tài trợ mang tính hỗ trợ cộng đồng thuần túy
Đây là nhóm nội dung dễ phát sinh tranh luận khi thanh tra thuế nếu hồ sơ chứng minh chưa đầy đủ.
Doanh nghiệp nên:
Rà soát mục đích từng khoản chi
Lưu đầy đủ hồ sơ tài trợ
Xây dựng hợp đồng truyền thông rõ ràng
Theo dõi riêng các khoản tài trợ có yếu tố marketing
6. Không nhận diện đầy đủ giao dịch liên kết
Qua nhiều đợt thanh tra và rà soát thuế gần đây, giao dịch liên kết tiếp tục là nhóm nội dung được kiểm tra với tần suất cao.
Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn cho rằng chỉ quan hệ công ty mẹ và công ty con mới thuộc phạm vi giao dịch liên kết.
Trên thực tế, nhiều quan hệ khác cũng có thể thuộc diện cần kê khai và rà soát như:
Khoản vay từ giám đốc hoặc cổ đông
Khoản vay được cá nhân bảo lãnh
Doanh nghiệp có dung người đại diện pháp luật
Quan hệ gia đình giữa các cá nhân quản lý
Sai sót phổ biến là doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết nhưng:
Không kê khai hồ sơ liên quan
Không rà soát giới hạn chi phí lãi vay
Không đánh giá rủi ro giao dịch liên quan định kỳ
Đây là nhóm rủi ro có thể ảnh hưởng đáng kể đến chi phí tài chính và nghĩa vụ thuế nếu doanh nghiệp không nhận diện đầy đủ ngay từ đầu.
Doanh nghiệp nên:
Rà soát cơ cấu sở hữu
Kiểm tra toàn cầu bộ nguồn vốn vay
Đối chiếu các quan hệ quản lý điều hành
Thực hiện rà soát giao dịch liên kết định kỳ
7. Tiếp tục áp dụng định mức chi phí theo quy định cũ
Một số khoản chi phí hiện vẫn có điều kiện hoặc giới hạn cụ thể khi tính vào chi phí được trừ, tuy nhiên nhiều doanh nghiệp chưa cập nhật kịp thời các thay đổi mới.
Các khoản dễ phát sinh sai sót gồm:
Chi phí trang phục cho người lao động
Qũy dự phòng tiền lương
Chi phí đào tạo
Các khoản hỗ trợ nhân sự
Chi phí lãi vay với cá nhân
Nguyên nhân chủ yếu là doanh nghiệp vẫn sử dụng quy chế tài chính cũ hoặc duy trì cách hạch toán theo các kỳ quyết toán trước.
Nếu không rà soát kịp thời, các sai lệch này có thể ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí được trừ và số liệu lợi nhuận sau thuế trên báo cáo tài chính.
Doanh nghiệp nên:
Cập nhật định mức theo quy định hiện hành
Kiểm tra lại các khoản chi phí quy định hiện hành
Rà soát các khoản chi phí có điều kiện
Chủ động điều chỉnh trước thời điểm quyết toán thuế
Trong bối cảnh cơ quan thuế ngày càng tăng cường quản lý theo hướng phân tích dữ liệu và đánh giá rủi ro, việc rà soát sớm hồ sơ kế toán và chính sách thuế nội bộ đang trở thành yêu cầu quan trọng đối với nhiều doanh nghiệp.
Việc chủ động kiểm tra định kỳ không chỉ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro truy thu và xử phạt mà còn hỗ trợ nâng cao chất lượng quản trị tài chính, tính minh bạch của báo cáo tài chính và hiệu quả kiểm soát nội bộ.
Đối với doanh nghiệp có quy mô lớn hoặc phát sinh giao dịch phức tạp, việc thực hiện rà soát độc lập trước thời điểm quyết toán có thể giúp phát hiện sớm sai lệch và giảm đáng kể rủi ro phát sinh sau thanh tra.
CÔNG TY TNHH KIỂM TOÁN VÀ TƯ VẤN CHUẨN VIỆT (VIETVALUES)
Địa chỉ: 33 Phan Văn Khỏe, Phường Chợ Lớn, TP.HCM
Hotline: 0919 696 168
Website: www.vietvalues.com
Email: admin@vietvalues.com